在线清洗利用了反渗透设备配套的药洗水箱、清洗水泵及管路，对膜壳中的膜元件进行循环清洗或浸泡清洗。整个过程无需拆卸膜元件，维护工作量小，清洗完毕后可快速切换回生产模式。

在线清洗往往不到位，且对处于不同位置受不同程度和不同类型污染的膜元件无法区分处理，因此对于膜污染较为严重的情况常采用离线清洗。

离线清洗是将反渗透系统中的受污染膜元件取出，装在专门的离线膜清洗装置上进行清洗，清洗效果更为到位。

由于各段膜元件表面的污染物和受污染程度不尽相同，因此采用离线清洗的方式，可以根据受污染程度和类型有效的区分待清洗的膜元件，并有针对性的进行化学清洗，减少无效清洗对膜分离层造成的损伤，延长反渗透膜的使用寿命。